1、科屬不同：番鴨是鴨科棲鴨屬，疣鼻棲鴨的馴化種，傳入中國稱為番鴨”；而菜鴨則是鴨科鴨屬綠頭鴨的后代，也有部分斑嘴鴨的血統。
2、外觀不同：番鴨體型大于鴨而小于鵝，體型前尖后窄，尾部瘦長；而菜鴨的臀部肥大，以至于走路都顫顫巍巍，整個身體更接近船形。
3、羽毛不同：番鴨羽毛顏色是白色、黑色和黑白花色三種，但有少數番鴨呈銀灰色；菜鴨的羽毛顏色是白色、黃褐色、麻雀色等。
4、用途不同：番鴨不以產蛋見長，年產蛋量120-140枚左右；而菜鴨則高達260-280枚，是番鴨的二倍。番鴨以肉用、肝用為主，肉質鮮美而不膩；而菜鴨則蛋肉肝兼而有之，肉的脂肪含量高于番鴨。
