兩者有以下不同：適應病毒類型、適用群體、先后順序不同。
醫學隔離一般是針對甲等流行傳染病進行的隔離措施。
居家隔離主要針對乙類傳染病進行的隔離措施。
醫學隔離對疑似病例完全與外界隔離，只有專職的醫務人員消毒后方可入內，做好院內感染控制和醫務人員的個人防護工作。
居家隔離采取居家隔離措施的人并不僅僅是疑似病人，還應包括可疑病人和密切接觸者（密切觀察，但不限制活動）。
對居家隔離期間出現發熱或呼吸道癥狀者，在采取有效防護條件下，應立即送定點醫療機構進行醫學隔離治療。所以居家隔離是醫學隔離的前序作業。
居家隔離的前序作業有很多，比如醫學檢查、自我隔離等等。
建議不要出門。
居家隔離對象應相對獨立居住，盡可能減少與共同居住人員的接觸，做好醫學觀察場所的清潔與消毒工作，避免交叉感染。觀察期間不得外出。如果必須外出，經醫學觀察管理人員批準后方可，并要佩戴一次性外科口罩，避免去人群密集場所。
可以開窗。
居家隔離需要有一個良好的家居環境，經常開窗通風，能夠保持室內空氣新鮮流通，新鮮空氣里有充足的氧氣，能促進人體新陳代謝，能夠減少室內的細菌、病毒，有利于身體健康。
居家隔離并不是簡單地待在家里，需要注意下列事項：
每天兩次測量體溫，早上起床和晚上8點左右。一旦出現任何癥狀，包括發熱、寒戰、干咳、咳痰、鼻塞、流涕、咽痛、頭痛、乏力、肌肉酸痛、關節酸痛、氣促、呼吸困難、胸悶、結膜充血、惡心、嘔吐、腹瀉和腹疼等，要立即向當地的衛生健康部門報告，并按規定送定點醫療機構診治
盡量單獨居住或獨處一室。碗筷等餐具單獨存放，不與家人交叉使用，食用飯菜與家人分開。使用的餐具應使用洗滌劑和流動的清水清洗，不需直接丟棄。
隔離房間應保持勤通風，每天早晨起床后，上午10點左右，下午3點左右和晚上6點左右各通風一次，每次半小時。家里廚房和其他成員房間每天至少通風一次。
飯前便后用流動的水洗手，保持雙手清潔；使用普通家庭消毒劑，至少每天清潔、消毒浴室和廁所一次。用60-90攝氏度熱水和洗衣皂清洗病人衣物、床單、浴巾、毛巾等物品，然后晾曬干燥。
日常生活盡量最小化，與同住家人近距離（小于1米）的接觸應佩戴符合要求的醫用口罩，使用過的口罩及時裝入塑料袋，密封存放。
隔離人員產生的生活垃圾應及時清理，使用消毒液噴灑消毒后再扔掉。
